Chora din Samothraki, situată pe pantele muntelui Saos în nord-vestul insulei, este o așezare pitorească la aproximativ 6 km de coastă. Datând din secolul al X-lea, a fost construită strategic pentru a fi ascunsă de mare, pentru a-și proteja locuitorii de invaziile piraților, o amenințare frecventă în regiune. La marginea orașului Chora se află impresionantul castel medieval al Gatilouzi, conducătorii venețieni ai insulei în secolul al XIV-lea. Gatilouzi au construit fortificații, cunoscute și sub numele de Turnurile Gatilouzi, în diferite părți din Samothraki. Așezarea prezintă case tradiționale din piatră cu două etaje, cu acoperișuri din țiglă și căi pavate. În piața centrală, vizitatorii se pot relaxa sub platani maiestuoși. Printre reperele notabile se numără Biserica Adormirea Maicii Domnului, o structură impunătoare din secolul al XIX-lea care adăpostește relicvele celor cinci noi martiri din Samothraki. O altă atracție cheie este Muzeul de Folclor din Samothraki, găzduit într-un conac restaurat și care prezintă numeroase artefacte din viața tradițională a insulei. Muzeul a fost înființat prin contribuțiile voluntare ale locuitorilor din zonă. Chora a fost desemnată oficial a fi o așezare tradițională conservată din 1978.