Komotini compte 12 mosquées musulmanes et 6 lieux de pèlerinage (masjid). Presque tous ont été rénovés, mais la plupart ne se distinguent pas par leur intérêt architectural. Les seuls à avoir une présence dominante sont deux d'entre eux : La Mosquée Yeni, construite en 1585 par Ahmed Efendi, chef du trésor ottoman sous le règne du Sultan Mourad III, est l'un des monuments les plus importants de Komotini. Le bâtiment comportait à l'origine un grand dôme et cinq autres plus petits. Une inscription datant de 1902, située à l'entrée sud, décrit les importants travaux de rénovation et d'agrandissement réalisés à cette époque. L'entrée monumentale mène à la salle de prière de la mosquée, où le mihrab en marbre— une niche dans le mur face— se distingue par sa décoration sculpturale élaborée. À côté se trouvent les célèbres tuiles de Prusa, ornées de fleurs et de pousses, ainsi qu'une inscription du Coran. Le minbar, une chaire en marbre utilisée par l'imam pour diriger les prières, est également remarquable, avec ses reliefs floraux et géométriques complexes. Bien qu'elle soit connue comme la « Nouvelle » mosquée (Yeni Mosquée), elle a environ 25 ans de plus que la « Vieille » mosquée (Eski Mosquée). La Mosquée Eski (anciennement connue sous le nom de Mosquée Atik) a été construite en 1608 sous le règne du sultan Ahmed Ier. C'est la seule mosquée qui possède un minaret à deux balcons. Elle a été récemment rénovée (2002) et se trouve dans une position privilégiée, à 70 mètres à l'est du château de Komotini, en face du Marché Municipal.