В Комотини има 12 мюсюлмански джамии и 6 места за поклонение (масджиди). Почти всички те са реновирани, но повечето не представляват архитектурен интерес. Единствените забележителни с внушително присъствие са две: Джамията Йени, построена през 1585 г. от Ахмед ефенди, началник на османската хазна при султан Мурад III, е един от най-важните паметници в Комотини. Първоначалната сграда е имала един голям купол и пет по-малки. Надпис от 1902 г., разположен на южния вход, описва мащабните ремонти и разширения, извършени по това време. През монументалния вход се влиза в молитвената зала на джамията, където мраморният михраб - нишата в стената, обърната към Мека - се отличава със своята скулптурна украса. До нея са разположени известните плочки на Пруса, украсени с цветя и филизи, както и надпис от Корана. Забележителен е и минбарът - мраморен амвон, използван от имама за водене на молитви, със сложни флорални и геометрични релефи. Въпреки че е известна като „новата“ джамия (Yeni Mosque), тя е с около 25 години по-стара от така наречената „стара“ джамия (Eski Mosque). Джамията Ески (известна преди като джамията Атик) е построена през 1608 г. по време на управлението на султан Ахмед I. Това е единствената джамия, която има минаре с два балкона. Тя е наскоро реновирана (2002 г.) и се намира на видно място, на 70 метра източно от замъка Комотини, срещу общинския пазар.