În Komotini există 12 moschei musulmane și 6 locuri de pelerinaj (masjid). Aproape toate au fost renovate, dar majoritatea nu se remarcă prin interesul lor arhitectural. Singurii notabili cu o prezență impunătoare sunt doi: Moscheea Yeni, construită în 1585 de Ahmed Efendi, șeful trezoreriei otomane sub sultanul Murat III, este unul dintre cele mai importante monumente din Komotini. Clădirea originală avea o cupolă mare și cinci mai mici. O inscripție din 1902, situată la intrarea sudică, descrie renovările și extinderile ample efectuate la acea vreme. Prin intrarea monumentală, se intră în sala de rugăciuni a moscheii, unde mihrab-ul din marmură - nișa din perete orientată spre Mecca - iese în evidență cu decorul său sculptat. Lângă ea se află faimoasele dale de la Prusa, împodobite cu flori și lăstari, împreună cu o inscripție din Coran. Minbarul, un amvon din marmură folosit de imam pentru a conduce rugăciunile, este, de asemenea, impresionant, cu reliefuri florale și geometrice complicate. Deși este cunoscută drept moscheea „nouă" (moscheea Yeni), aceasta este cu 25 de ani mai veche decât moscheea „veche" (moscheea Eski). Moscheea Eski (cunoscută anterior ca Moscheea Atik) a fost construită în 1608, în timpul domniei sultanului Ahmed I. Este singura moschee care are un minaret cu două balcoane. Acesta este recent renovat (2002) și este situat într-o poziție proeminentă, la 70 de metri est de Castelul Komotini, vizavi de piața municipală.