Στην Κομοτηνή υπάρχουν 12 μουσουλμανικά τεμένη και 6 προσκυνητάρια (μεστζίτ). Σχεδόν όλα έχουν ανακαινιστεί αλλά τα περισσότερα δεν παρουσιάζουν ιδιαίτερο αρχιτεκτονικό ενδιαφέρον. Τα μόνα αξιόλογα με επιβλητική παρουσία είναι δύο :Το Γενί Τζαμί (Νέο Τέμενος) ιδρύθηκε στα τέλη του 16ου αιώνα (1585) από τον Αχμέτ Εφέντη, που ήταν επικεφαλής της οικονομικής υπηρεσίας της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, στα χρόνια του Σουλτάνου Μουράτ Γ’. Το αρχικό κτήριο είχε έναν τρούλο και πέντε μικρότερους. Η επιγραφή του 1902 που βρίσκεται στη νότια είσοδο μας πληροφορεί για εκτεταμένες ανακαινιστικές εργασίες και επεκτάσεις του τεμένους. Από την μνημειακού χαρακτήρα είσοδο εισέρχεται κανείς στο χώρο προσευχής του τεμένους, όπου εντυπωσιάζει το μαρμάρινο μιχράμπ, η εσοχή στον τοίχο που βρίσκεται προσανατολισμένος προς τη Μέκκα, η οποία φέρει γλυπτό διάκοσμο, ενώ δίπλα του είναι εντοιχισμένα τα φημισμένα πλακίδια της Προύσας, τα οποία διακοσμούνται με άνθη και βλαστούς, ενώ διακρίνεται και επιγραφή από το Κοράνιο. Εξίσου εντυπωσιακό είναι το μαρμάρινο μινμπάρ, ο άμβωνας όπου ο ιμάμης καθοδηγεί την προσευχή, το οποίο διακοσμείται και αυτό με ανάγλυφα φυτικά και γεωμετρικά σχέδια. Θα πρέπει να σημειωθεί ότι παρόλο που το τέμενος ονομάζεται «Νέο» (Γενί Τζαμί) είναι παλαιότερο κατά 25 περίπου χρόνια από το λεγόμενο «Παλαιό» Τέμενος (Εσκί Τζαμί). Το Εσκί Τζαμί (Παλαιότερα Τζαμί Ατίκ) κτίστηκε το 1608 την εποχή του Σουλτάνου Αχμέτ του Α'. Είναι το μοναδικό τέμενος που διαθέτει μιναρέ με δύο εξώστες. Είναι πρόσφατα ανακαινισμένο (2002) και βρίσκεται σε περίοπτη θέση 70 μέτρα ανατολικά του Κάστρου της Κομοτηνής, απέναντι από τη Δημοτική Αγορά.