Митрополитската църква „Успение Богородично“ се намира в източната част на стената на замъка Комотини на улица „Темистокли Софули“. Това е четирикорабна църква с дървена конструкция и притвор, а подът ѝ е под нивото на околността. Построена е през 1830 г., по време на турската окупация, върху основите на византийска църква, спомената от пътешественика Пиер Белон през 1548 г. Църквата е реставрирана и е обявена за исторически паметник. Важен художествен акцент е чудотворната икона на Богородица, датираща от XV и XVI век. Иконостасът е със сложна дантелена украса, отразяваща континенталната художествена школа. Освен това тронът и амвонът, датиращи от началото на XIX в., са забележителни примери за майсторство. Втората най-стара църква в Комотини е наречената на Свети Георги, за която се твърди, че е построена след 1850 г., когато османската администрация прилага Втората административна реформа, даваща свободи на османските граждани от други националности. Намира се във втория най-стар християнски квартал на юг от централния площад. Двете гореспоменати църкви, заедно с параклиса на Света Параскева в едноименната горичка, са единствените религиозни паметници в Комотини, които предхождат включването на Тракия в гръцката държава. След освобождението последователно са построени църквите Агия Варвара, Премъдрост Божия, новата Агия Варвара, атедралата Благовещение на Богородица, Агиос Стилианос, Агиос Космас Етолийски и Агиос Трифон.