За търсещите приключения Самотраки е основна дестинация за каньонинг. Островът е благословен с впечатляващи ждрела, уникални водопади и девствена природна красота, които предлагат на посетителите възможност да изследват водните райски кътчета.

Каньонингът в Самотраки включва дейности като спускане по водопади, спускане по скални образувания и гмуркане в кристално чисти басейни. Ватрес, естествени басейни, образувани от потоци, са особено освежаващи за плуване, особено през летните месеци.

Два популярни маршрута за каньонинг се намират във Фониас и Гриа Ватра (Платия). Маршрутът през Гриа Ватра включва шест водопада с денивелация до 45 метра, както и площадки и пързалки. Сред тях се откроява „площадката “„на сърцето“. Този маршрут е идеален за начинаещи, като съчетава пешеходен туризъм и каньонинг в живописен участък от голямото дефиле.

Дефилето Фониас е друг зашеметяващ маршрут за каньонинг, който започва с лек преход покрай реката през гора от платани. Вътре в дефилето приключенците се сблъскват с пет водопада с височина до 25 метра, пързалка и множество площадки, което го превръща в едно от най-живописните преживявания за каньонинг на острова.